第六季中，故事始终以两条叙事线索展开。其中一条，他们在岛上。另外一条，他们也坐过那班飞机，但飞机没有出事，因此每个人都在岛外过着完全不同的生活。戴斯蒙发现两个世界之间的连接点，他于是一个个地去找那些曾经同机的人，用各种极端的方式让他们“回忆”起在岛上那段其实他们并没有经历过的日子。很多从不相识的人因此走到了一起，相爱，幸福地生活在一起。而在岛上，他们早就因种种缘由失去了彼此。最后，杰克在父亲的葬礼...

第三季的后半部分，掌握着Ben的生死的Jack似乎占据了优势。他要求释放Kate和Sawyer，让他们平安返回小岛，而他将留下来。但Jack真实的动机是什么呢？Kate终于在Jack和Sawyer之间作出了选择，她的感情是真实的吗？Juliet作出了一个危险的决定。Eko死后，Locke 对岛上之谜的探求使Sayid相信，他的动机并不是幸存者。Sun和Jin在庆祝新生命的到来，孩子究竟是不是Jin...

大家继续探索孤岛的秘密，寻找脱身方法，没想到的是，岛上竟然存在组织严密、早就在此生活的“其他人”。“其他人”将杰克（马修·福克斯 Matthew Fox 饰）、凯特（伊万杰琳·莉莉 Nicole Evangeline Lilly 饰）、索亚（詹姆斯·福特 James F ord 饰）抓进了监狱， 他们设法逃脱，帮助杰克逃脱的是“其他人”中一个叫朱丽叶特的女人（伊丽莎白·米切尔 Elizabeth ...